Il est l'organe d'exécution, chargé de la mise en œuvre des décisions de la Conférence des Ministres. Il est dirigé par un Secrétaire permanent placé sous l'autorité directe du Président en exercice de la Conférence des Ministres. Sur proposition des Etat membres, la Conférence des Ministres décide de la nomination du Secrétaire permanent pour une période de quatre ans renouvelable une fois.
Le Secrétariat permanent fonctionne grâce aux contributions des Etats membres aux budgets de la CSRP ;. Ces contributions sont déterminées sur la base d’une clé de répartition telle que déterminée avec l’adhésion de la Sierra Léone en février 2004..
Suite à l’adoption par la Conférence des Ministres, lors de sa 12e Session extraordinaire en février 2009, de la Lettre de développement, d’organisation et de gestion des ressources humaines, une réforme institutionnelle a été mise en place pour permettre à la CSRP de s’adapter au nouvel environnement du secteur de la pêche et d’être le principal acteur dans le développement durable des pêches dans sa zone. Cette Réforme s’est illustrée notamment à travers un nouvel organigramme de l’organisation, avec la création de :
La Conférence des Ministres a pour mandat de définir les orientations politiques de l’organisation en fixant ses objectifs de coopération sous-régionale et en se prononçant sur toutes les questions relatives à l’exploitation, la préservation et la conservation des ressources halieutiques de la sous-région. Entre deux sessions, le Président en exercice est responsable de l’application effective des décisions de la Conférence des Ministres.

Rapport de la 19e Session ordinaire - 20-21 décembre 2012, Conakry, République de Guinée. Télécharger
Rapport de la 18e Session ordinaire - 16-17 décembre 2010, Banjul, République de Gambie. Télécharger
Rapport de la 17e Session ordinaire - 4-5 décembre 2008, Praia, République du Cabo Verde. Télécharger
Rapport de la 15e Session ordinaire - 23-24 février 2004, Dakar, République du Sénégal. Télécharger

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